In età imperiale il livello pavimentale venne rialzato per ospitare un peristilio di quattro corridoi porticati intorno ad una zona centrale scoperta, a cui successivamente fu aggiunta una vasca di fontana.
All’interno degli ambienti è stato rinvenuto un accurato sistema idraulico di canalette di adduzione e deflusso delle acque.
È probabile che il peristilio abbia avuto continuità di vita dall’età augustea fino al III secolo d.C.

Nell’ultima parte del XX secolo ha conosciuto una notevole importanza di flusso di pellegrini dopo l’ultimo restauro dell’annessa chiesa. Notevole fu il lavoro svolto da mons. Mario Forte, parroco e rettore della parrocchia di S. Maria degli Angeli e San Magno, che con la raccolta di fondi, svolta fino in America, realizzò molte delle opere di ristrutturazione che oggi permettono ai pellegrini di usufruire del santuario.

Nel 1990, nel quarantesimo anniversario dall’inizio dei lavori di restauro e ristrutturazione, l’arcivescovo di Gaeta, mons. Vincenzo Maria Farano, nel benedire i nuovi locali ha scoperto un’iscrizione incisa nel marmo.

Numerose leggende sono legate alla sua figura, come quella che, durante le persecuzioni imperiali, lo vuole liberato dalla prigionia dall’Arcangelo Michele, o quella che lo vede combattere con il diavolo a Napoli, una volta allontanatosi dalla città natale in direzione di Roma. Sarebbe stato un angelo a condurlo verso Fondi, dove compì diversi miracoli, dall’esorcismo alla guarigione di malati, ciechi e donne sterili. Fu raggiunto, però, dalle milizie di Decio e Valeriano che, dopo aver cercato di fargli ripudiare la fede cristiana, lo decapitarono in seguito alla sua morte, sopraggiunta in preghiera davanti all’altare. A lui sono attribuiti altri miracoli legati alle sue reliquie, nonché un ruolo importante nella diffusione del cristianesimo nel Lazio e in Campania.

HONORATVS CAIETANVS SECVNDVS
ARAGONIVS PRIMVS FVNDORVM COMES
ILLustris PRINCeps MAGNANimus
TEMPLVM HOC BEATAE MARIAE
VIRGini DICATVMPROPRIA
IMPENSA EREXIT 1490

L’epigrafe qui riportata, che si trova a sinistra del portale maggiore, ricorda, dal 1490, che il tempio fu eretto per volontà e devozione di Onorato II Gaetani d’Aragona e dedicato alla Beata Vergine Maria. Portale e pulpiti portano lo stemma dei Gaetani d’Aragona: infatti, Onorato fu il primo conte di Fondi a potersi fregiare del nome dei sovrani di Napoli per decreto reale (1466) di Ferrante d’Aragona.

Alla Vergine i cittadini di Fondi ricorrevano e ricorrono nei momenti in cui sono maggiormente bisognosi d’aiuto e conforto. La statua lignea della Madonna del Cielo, risalente al 1613 e raffigurante Maria come regina coronata, con angeli e lo sguardo rivolto al cielo, è simbolo di Fondi quanto e forse più del castello, soprattutto nei cuori dei fondani all’estero; è stata ritenuta miracolosa e in virtù della sua presenza la chiesa è stata, nel settembre 2013, elevata alla dignità di santuario. La statua viene portata sollennemente in processione ogni venticinque anni: la tradizione popolare vuole che ogni tentativo di farla uscire dalla chiesa prima del suo tempo non vada a buon fine.

L’ampio interno a croce latina si articola in tre navate. Una scalinata di nove gradini, larga quanto l’intera facciata, rende l’ampio sagrato quasi un podio che sovrasta la piazza. L’effetto complessivo è di semplicità, eleganza e imponenza architettonica. Sopra il portale centrale si trova la lunetta che ospita un gruppo statuario di pregevole scultura a tutto tondo e di proporzioni pressoché naturali: al centro la Madonna in trono col Bambino; sulla predella del trono è inciso Ave gracia 1490; da un lato, ritta in piedi, è Santa Caterina d’Alessandria, protettrice della casata dei Gaetani d’Aragona, con la ruota, strumento del suo martirio; dall’altro lato del trono il committente Onorato II, genuflesso, orante, a mani giunte, indossa la zimarra comitale ed è adorno di un collare da cui pende una croce.

La chiesa di San Pietro, scrigno di tesori inestimabili, conserva sostanzialmente inalterata la struttura tardo-duecentesca. La particolare forma a vela della facciata rappresenta l’idea di una Chiesa come nave che attraversa i flutti dei secoli. Il fianco destro presentava simmetricamente la medesima linea, oggi non più visibile.
Nella facciata si legge una commistione di gotico e romanico; il portale strombato, in marmo di Carrara, presenta animali stilofori: a destra un leone e a sinistra un ariete sormontante un leone. Nell’architrave sono raffigurati: al centro Cristo assiso e benedicente, alla sua sinistra San Paolo, ed un cherubino con in mano un candelabro; alla sua destra San Pietro, San Giovanni Evangelista ed un cherubino che regge il turibolo. Nell’edicola marmorea, in stile gotico, una figura in trono è stata finora interpretata come San Pietro benedicente e se ne attribuisce la realizzazione ad Arnolfo di Cambio (1303) anche per la somiglianza con il San Pietro bronzeo in San Pietro di Roma.

Tra l’arca e la cella, Onorato II fece incidere un’iscrizione dedicatoria per il padre:

CHRISTOPHORO HEC HONORATUS AC(R)I MONUM(EN)TA
PARE(N)TI ER(E)XIT POSUITQUE SUO DE NOMI(N)E SIGNA
CAIETANA DOMUS REGNI LOGOTHETA COMESQ(UE) FUNDORUM
ATQUE ARMIS TIT(U)LUS LUSTRAVIT UTRU(M)QUE

Ancora nella cappella della famiglia Gaetani si custodiscono capolavori pittorici: il trittico della Maestà di Antoniazzo Romano (XV sec.) e quello dell’Annunciazione di Cristoforo Scacco (1499). Quest’ultimo, a fondo oro, che rappresenta l’Annunciazione tra i Santi Onorato e Mauro (cm. 215 per 230), si colloca nella fase tarda della produzione dello Scacco, interamente svolta in Italia meridionale (Itri, Capua, Piedimonte Matese, Capodimonte); l’opera fu commissionata dal Gaetani d’Aragona, come ricorda lo stemma all’estremità della predella, ma fu portato a compimento quando il conte era già morto. La tavola ha assunto un particolare significato come termine ante-quem rispetto alla querelle cronologica sulla costruzione del castello di Fondi, poiché Sant’Onorato è rappresentato con una miniatura del fortilizio tra le mani.

La chiesa di San Pietro conserva altri “reperti” estremamente pregevoli, come il crocifìsso bizantino dell’VIII – IX sec., attualmente sospeso sull’altare, e il trono cosmatesco sul quale l’antipapa Clemente VII, nel 1378, ricevette la tiara papale dal conte Onorato I Caetani, dando vita allo Scisma d’Occidente. L’edificio vanta anche la presenza di due busti d’argento con le reliquie di San Sotero, tredicesimo pontefice della Chiesa Romana nato a Fondi all’inizio del II secolo, e di Sant’Onorato patrono della città.